En el marco del Programa, el Ministerio de Ambiente y Recursos Naturales –MARN- es el organismo ejecutor quien brinda las condiciones necesarias para la ejecución de las actividades previstas y el respaldo necesario para alcanzar los objetivos planteados. El MARN estableció una Unidad del Programa (UP) que cumple entre otras una función de facilitación, coordinación, y supervisión técnica del Programa y depende institucionalmente del  Viceministerio de Ambiente. 

El Programa busca  Promover la conservación de las áreas priorizadas de la Reserva de la Biosfera Maya y las Áreas Protegidas del Sur, a través del uso y manejo sostenible, participativo e incluyente de los recursos naturales, del patrimonio cultural, la actividad turística y la adecuada gestión ambiental, contribuyendo a mejorar la calidad de vida de la población local del Petén.

La propuesta técnica del Programa se desarrolla con una visión integral del territorio y su población. Las dimensiones que aborda el Programa para alcanzar los resultados propuestos son: Dimensión Institucional, enfocada a procesos de desconcentración y descentralización a fin de fortalecer la coordinación interinstitucional. Dimensión Social, participación comunitaria y local incluyente. Dimensión Cultural, mantener  la integridad y puesta en valor del patrimonio cultural y turístico. Dimensión ambiental, busca mantener la integridad  ecológica de las áreas protegidas y zonas de influencia. En la cuenca del lago Peten Itzá  el énfasis es el saneamiento, control y monitoreo de la calidad de agua superficial y subterránea. Dimensión Productiva, busca el mejoramiento tecnológico y el desarrollo de alternativas productivas sostenibles para mejorar la calidad de vida de las comunidades.